Nel 1798 durante la Repubblica Giacobina il convento venne soppresso.
Dopo la Restaurazione i Minimi vi tornarono fino all’Unità d’Italia.
Nel 1861 con il decreto Pepoli, passò definitivamente al Demanio, divenendo sede della prima scuola pubblica cittadina per l’infanzia (1863) e poi dell’Istituto Magistrale Assunta Pieralli, oggi Liceo Pedagogico.
Anche la chiesa fu incamerata dallo Stato, per divenire magazzino dell’esercito.
Dopo 50 anni fu riconsacrata parrocchiale acquisendo anche il titolo e i beni della vicina chiesa di San Giacomo delle cinque piaghe.
La chiesa, fu ricostruita in stile classico, dal 1579 al 1689, su disegno di Francesco Vezzosi da Pistoia, con un impianto a croce latina ad un’unica navata, divisa in tre campate, con volta a botte.
La facciata, a capanna, non è stata mai completata nel rivestimento.
Il campanile, coperto da una cupoletta poligonale, fu realizzato nel XIX sec., in sostituzione di quello antico a vela, visibile ancora in alcune stampe.
L’interno conserva negli altari numerose tele del XVIII sec. scampate alle requisizioni napoleoniche e alle demanializzazioni post-unitarie.
Due tele sono incorniciate da finte architetture prospettiche di Pietro Carattoli (XVIII sec.).
Le vetrate policrome sono state realizzate, nel 1954 e nel 2011, dallo storico laboratorio perugino Moretti-Caselli.