Sorge alla fine del XIII secolo sul romitorio ove visse per più di trent’anni il Beato Egidio, compagno di San Francesco. Successivamente divenne il secondo polo urbano francescano e un prestigioso Studium Generale dell’Ordine dell’Osservanza, istituito da San Bernardino da SienaSuccessivamente divenne il secondo polo urbano francescano e un prestigioso Studium Generale dell’Ordine dell’Osservanza, istituito da San Bernardino da Siena.
La chiesa, ricostruita nel 1858, ingloba un Oratorio (XVI sec.) dedicato alla Vergine, opera del perugino Orazio di Bevignate Alessi. Un tempo ricchissima di opere rinascimentali (Spagna, Perugino) in seguito alle demanializzazioni, fu spogliata di molti suoi capolavori; rimangono ancora affreschi del XIV sec. e alcune pale d’altare dei secoli successivi.
La chiesa conserva anche un’opera del perugino Gerardo Dottori dipinta nel 1923.Attraversando i chiostri, tra cui il quattrocentesco chiostro detto di San Bernardino, si giunge all’oratorio del Beato Egidio, dove è custodita una Crocifissione di maestro umbro del ‘300 con l’immagine dello stesso Egidio.
Il convento di San Francesco al Monte custodisce una preziosa biblioteca settecentesca progettata da Pietro Carrattoli.