Nel XV sec. San Bernardino da Siena fece costruire una nuova ala e nel 1705 fu costruito l’ospizio per il ricovero dei poveri e dei mendicanti. Un nuovo dormitorio per i frati fu costruito nel 1757 e ristrutturato, in parte, già nel 1778. Nel 1762, lungo il viale d’accesso al convento, furono costruite delle piccole edicole per le tappe della Via Crucis, completamente restaurate nel 1904.
Al monastero di Farneto era annessa la chiesa di Santa Maria della Santissima Pietà, di epoca medioevale. Sopra di essa, alla fine del Seicento, ne fu edificata un’altra con lo stesso titolo. Nella chiesa si trovano le copie di un trittico di Pellegrino di Giovanni e di un dipinto del XIII sec., raffigurante la Madonna, Gesù Bambino e alcune scene della Passione, attribuito al Maestro del Farneto. Gli originali si trovano nella Galleria Nazionale dell’Umbria a Perugia.
Dell’epoca originaria, rimane soltanto la piccola cappella nel bosco, costruita intorno al 1300 nel luogo in cui San Francesco si recava in preghiera.