Sul fianco sinistro si conserva un portale e due arcate ogivali. Nel 1404 passò ai Padri Silvestrini, che ristrutturarono la chiesa per volere di Braccio Fortebraccio.Ricostruita quasi per intero nel 1568, prese l’appellativo di Nuova, per l’arrivo dei Padri Serviti, provenienti dalla chiesa di S. Maria dei Servi, sul Colle Landone, demolita per far posto alla Rocca Paolina. Il campanile del 1644 fu realizzato su probabile disegno di Galeazzo Alessi.
All’interno, è un prezioso patrimonio: nelle cappelle ai lati dell’abside affreschi del XV sec, e in quella di destra, l’ara con le spoglie di Braccio Baglioni, nipote di Braccio Fortebraccio. Sulle parete affreschi con stucchi manieristi del XVI sec. e tele di artisti locali (XVI – XVII sec.), il coro del XV sec., il gonfalone di Benedetto Bonfigli (1471), il seicentesco altare della Compagnia degli “Ultramontani”, un grandioso organo di contro-facciata del 1584. Nella chiesa vi erano opere di Pietro Vannucci, oggi alla National Gallery di Londra e alla Galleria Nazionale dell’Umbria, di Nicolò Liberatore detto l’Alunno e di Fiorenzo di Lorenzo nella Galleria Nazionale dell’Umbria, e di Gian Nicola di Paolo ora al Louvre.
Dalla navata destra si accede all’Oratorio del Crocefisso (1519), un’aula rettangolare con volta decorata da finte architetture di Pietro Carattoli, con al centro la Gloria della Croce di Antonio M. Garbi (1750). L’altare eseguito su progetto di Valentino Martelli (1593) contiene la Deposizione di Felice Pellegrini (1593).
Accanto alla chiesa è l’Ex Convento di S. Maria Nuova, ricostruito dopo il 1540, a seguito della distruzione del convento di S. Maria dei Servi (sul Colle Landone), del quale reimpiega le colonne del chiostro. Il complesso, di proprietà ecclesiastica, ristrutturato recentemente, è adibito a residenze private e dotato di una Sala Capitolare per convegni ed eventi (accessibile al civico n. 87 di via Pinturicchio).