La chiesa, ricostruita e modificata recentemente (1911), è di origine antichissima.
Era conosciuta con il nome di “Plebs Sanctae Mariae de Pagliaccio”, come si legge esternamente in un’iscrizione su pietra. La sua origine è testimoniata anche da documenti d’archivio: nel Diploma dell’imperatore Federico Barbarossa del 1163 è denominata come “plebem de pelaci”.
Durante i lavori di ricostruzione, l’unica parte dell’antico edificio ad essere risparmiata dalla demolizione fu la parete dell’abside che divenne la cappella destra del nuovo edificio, dove si trovano due cicli di affreschi.
Il ciclo più antico (1260) è nel registro superiore: una Crocefissione e una Flagellazione che, per la loro rarità, sono di straordinaria importanza nella storia dell’arte umbra.
Cronologicamente si collocano dopo quelli di San Prospero (1225) e coevi a quelli di San Bevignate (1260-70). Una pittura grafica derivante, secondo lo storico P. Scarpellini, dall’arte della miniatura. Si avvale di un forte segno nero di contorno, ma con l’iconografia del “Christus patiens“, introdotta da Giunta Pisano.
Il secondo ciclo è nel registro inferiore: si tratta di una “Madonna in trono col Bambino e gli angeli” (1320), con un impianto compositivo tipico della pittura perugina, ma con influssi giotteschi e senesi desunti dal grande cantiere della basilica di San Francesco di Assisi.