Nel XIII sec. vennero ricostruiti la chiesa e lo splendido chiostro, dal quale si accede all’antichissima cripta, all’affrescata Sala del Capitolo e ad una cantina ricavata in quella che probabilmente era l’originaria chiesa.
La chiesa, a navata unica con volte a crociera costolonate, ispirata al modello delle Basilica francescana superiore di Assisi, conserva dipinti di Fiorenzo di Lorenzo e Bartolomeo Caporali. Altri dipinti più antichi, del Maestro di Montelabate e di Meo da Siena, sono conservati oggi nella Galleria Nazionale dell’Umbria.
A partire dal XV sec. l’Abbazia perse la propria autonomia e passò agli abati accomandatari, in esecuzione alle volontà del pontefice. Verso la metà del XVII sec. il cardinale Filippo Monti vi introdusse i cistercensi, i quali ridiedero vita all’abbazia. Nel 1860, con l’unità d’Italia, questi vennero cacciati e l’abbazia venne venduta al marchese Medici che la trasformò in villa e fattoria.
Nel 1959 fu acquistata dal senatore Gaslini ed è ancora oggi proprietà della Fondazione Gaslini di Genova.