La realizzazione del piano superiore fu promossa da Papa Sisto IV per ospitare lo “Studium Generale Civitatis Perusii”, l’università perugina che sorta nel 1266, seconda università italiana dopo quella di Bologna, è rimasta in questa sede fino al 1811.
La parte estrema del palazzo ha ospitato il Monte di Pietà più antico d’Italia (1462).
La facciata del palazzo è caratterizzata da finestre a croce, nei cui architravi in pietra sono scolpiti versetti tratti dal Vangelo di San Matteo. Il piano terreno, con numerosi portali a sesto acuto, era adibito a botteghe. Sopra alla piccola porta sono scolpiti i monogrammi – O.M. – del committente Ospedale della Misericordia.
Il Palazzo della Università vecchio, come il Palazzo del Capitano del Popolo, sorge sulla piazza anticamente detta del Sopramuro, un terrazzamento poggiante su possenti arconi della seconda metà del XIII sec.
Attualmente è sede del Tribunale