Si accede dalla Sala dei Legisti, dove si trovano dei banconi intagliati e intarsiati da Giampiero Zuccari (1615-1621), passando attraverso la Sala delle Udienze, destinata alle riunioni e al ricevimento del pubblico. Gli arredi lignei intagliati sono di Antonio da Mercatello e Domenico del Tasso (1490-1501). Le pareti ospitano un ciclo di affreschi tra i più grandi esempi di arte rinascimentale, realizzati da Pietro Vannucci detto il Perugino (e Scuola) tra il 1498 e il 1500, ispirati a un programma iconografico in sintonia con le tendenze filosofiche neoplatoniche. Questi affreschi sono stati definiti da Edith Wharton, nel suo La decorazione della casa, come uno dei “tre soffitti perfetti del mondo” insieme a quelli del Mantegna a Mantova e dell’Araldi a Parma. Completa l’opera l’autoritratto del Perugino posto in una finta cornice.Adiacente alla sala è la Cappella di San Giovanni Battista con dipinti di Giannicola di Paolo, allievo del Perugino (1513-1528) ricca di lapislazzuli e oro.