Il museo conserva una significativa selezione del patrimonio della Fondazione Accademia di Belle Arti. La raccolta, iniziata dalla seconda metà del XVI secolo, comprende:la gipsoteca, con circa 600 gessi, tra cui spiccano il gigantesco Ercole Farnese, Il pugilatore Damòsseno, Il Laocoonte, Il Giorno e l’Aurora di V. Danti (da Michelangelo), Amore e Psiche e Le Tre Grazie di Antonio Canova (gessi originali donati dall’artista), il Pastorello di Bertel Thorvaldsen.La galleria conserva 430 dipinti, tra i quali opere di Annibale Brugnoli, Domenico Bruschi, Armando Spadini, Mario Mafai, Alberto Burri e Gerardo Dottori.La raccolta di grafiche, con 12.000 disegni e 6.300 incisioni.