Offre una sezione preistorica, contenente reperti rinvenuti in insediamenti e grotte dell’Italia centrale dal Paleolitico all’età del Bronzo, oltre ad un’importante esposizione di materiali provenienti dagli antichi centri umbri ed etruschi e dai siti romani presenti nell’attuale regione Umbria.Nel chiostro del convento, in un ambiente sotterraneo accanto all’ingresso, è stata ricostruita la suggestiva tomba della famiglia Cai Cutu (III-I sec. a.C.), con i corredi funerari. Attorno alle pareti del chiostro, così come nel loggiato superiore, sono collocate urne cinerarie, caratteristica produzione dell’artigianato etrusco in età ellenistica, provenienti dalle necropoli di Perugia. Un nuovo spazio espositivo accoglie inoltre urne e materiali della Tomba dei Cacni, oggetto di recupero da parte dei carabinieri del Nucleo Protezione Patrimonio Culturale.Tra i reperti di maggior pregio figurano, tra l’altro, il Cippo perugino, una delle più importanti iscrizioni in lingua etrusca e il corredo bronzeo della tomba principesca da San Mariano, nel territorio perugino, con un incredibile complesso di lamine decorate a sbalzo e resti di carri da parata.Inoltre vi sono esposti i materiali romani e le epigrafi che ricordano la rinascita di Perugia (Perusia restituta) dopo la distruzione seguita alla guerra che la oppose ad Ottaviano nel 41 a.C.Sezioni della galleria superiore sono dedicate alla importante Collezione di Amuleti di Giuseppe Bellucci, comprendente amuleti antichi e moderni e strumenti magico-religiosi, al Gabinetto di Numismatica e ad Oreficerie e tesoretti.